Vrijeme formalnog početka župe, njen teritorijalni opseg i njen ustrojbeni status, teško je odredit, posebice u ono doba kada je ušla u sklop ravenskog feuda Sv. Apolinara u VI. stoljeću. Ali, da je fažanska zajednica bila dobro ustrojena svjedoči i isprava cara Konrada II. iz 1028. kojom se zajedno sa drugim susjednim naseljima najveći dio Fažane kao posjed dodjeljuje puljskim biskupima dok je tek manji dio formalno do 1185. ostao posjedom ravenskog Sv. Apolinara. Međutim, s obzirom na intenzivnu dogradnju i proširivanje sakralnih objekata, posebice kompleksa crkve Sv. Kuzme i Damjana, moguće je pretpostaviti da je župa utemeljena u X. ili XI. stoljeću , možda upravo te 1028. kada je preuzimaju puljski biskupi.
U povijesnim izvorima se kao župa prvi put spominje 1150. godine u vrijeme sukoba Venecije i istarskih gradova odnosno, navodi se prilikom sklapanja mirovnih uvjeta kao jedna od župa na području puljštine. Treba također kazati da su i mnogi drugi važni događaji prekriveni povijesnim zaboravom. Tako npr., ne zna se točno kada i kako je došlo do rušenja romaničke crkve Sv. Kuzme i Damjana i izgradnje gotičke. Pretpostavlja se da je uz demografski rast naselja, najvažniji čimbenik ipak blizina morske vode koja je potkopavala temelje. Za ovaj današnji sakralni prostor se sa velikom vjerojatnošću mogu utvrditi neke faze izgradnje. One su u uskoj svezi s rušenjem puljskih gradskih bedema. Naime, nakon katastrofalne kužne epidemije 1632/3. koja je osim Istre zahvatila i veliki dio Europe, puljski je načelnik Vicenzo Bragadin po naputku mletačkog senata dao porušiti veliki dio bedema kojim je bio opasan grad. Htjelo se na taj način u zatvoreno naselje dovesti više svježeg zraka te tako za ubuduće izbjeći možebitne epidemije. Dio kamenog materijala prevezao se u Fažanu, vjerojatno na inicijativu vodnjanskog načelnika, jer je Fažana tada bila podložna u civilnoj vlasti u Vodnjanu, gdje je izgrađena kamena obala neposredno uz postojeću crkvu. Međutim, ovi su radovi izazvali dodatne poteškoće. Naime postojeća gotička građevina je poradi zasipavanja obale ostala ispod razine nove lučke površine. Nije bilo drugog izbora nego još jedanput krenuti u preinaku, a to u post epidemijsko kužno doba , kako se kasnije pokazalo, nije išlo baš jednostavno.
Usprkos početnom entuzijazmu i dovoljnoj količini kamenog materijala, kao i pogodnosti što se je pri rekonstrukciji iskoristio postojeći jugoistočni zid i dio pročelja, dogradnja se odužila čak na pedeset godina. Radove je započeo župnik Martin Venerucio 1638. a završio Antun Demarin tek 1688. Koliko se dovršetak radova željno iščekivao, ne samo u Fažani već i biskupiji, svjedoči i činjenica da jer istog dana kada je biskup Bernardin Corniani svečano blagoslovio crkvu, župa uzdignuta na rang nadžupe te se opna nalazila u tom statusu slijedećih 250 godina. Osim toga, župnik Antun Demarin je uskoro izabran u zbor pulskog kaptola. Poslije njega mnogi su fažanski dušobrižnici također obnašali tu čast u raznim kaptolima. No, posljednji svećenik koji je nosio titulu nadžupnika bio je Franjo Rocchi koji je župom upravljao od 1926. do 1935. godine. U ovome kao da ima neke simbolike. Naime, upravo je u vrijeme njegova upravljanja župom obavljena velika rekonstrukcija od 1928.-32 kojom je crkvi Sv. Kuzme i Damjana poslije punih 247 godina vraćen izvorni oblik iz 1688. (osim prezbiterija ). Crkva je do današnjih dana zadržala isti oblik. Zahvaljuju?ćmarnosti vjernoga puka i zauzetošću župnih upravitelja u vremenu od 1990. do 2004. kvalitetno su izvršeni su svi obnoviteljski zahvati (obnova krova, zidova, podova, elektrike, orgulja, oltara , zvonika itd.).
